基于lncRNA测序的联合分析

长链非编码RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）是一类长度大于nt的非编码功能性RNA分子，在表观遗传水平、转录及转录后等多个层面调控基因的表达，在动植物及微生物生命活动中具有重要作用。

百迈客LncRNA测序采用EpicentreRibo-ZeroTM试剂盒去除样本中的rRNA，对富集到的RNA进行文库构建、测序及数据分析，一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息，对lncRNAs类别、功能进行深入分析，同时结合转录组测序或小RNA测序可全面解析物种个体发育、环境适应、免疫互作及表型变异机制。

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lncRNA与mRNA的联合

适用情况：

有参考基因组物种

项目经验：猪、牛、羊、拟南芥、水稻、玉米、木薯、大豆、西瓜等

联合点：

lncRNA抑制/促进mRNA表达

分析内容：

1.lncRNA-mRNA共表达；

2.lncRNA-mRNA互作分析

3.不同时空下的共有mRNA/lncRNA表达模式分析

案例简介

小鼠胚胎发育过程中基因激活相关的lncRNA功能研究

已知lncRNA可促进或抑制基因的表达，通过对MII卵母细胞及2细胞期样品进行lncRNA测序鉴定到了多个差异表达lncRNA/mRNA，这些启动子相关lncRNA（pancRNAs）的表达极大促进了其来源基因的表达。敲除3个高丰度的pancRNAs会导致mRNA表达下调，并伴随着启动子区DNA甲基化。通过显微注射siRNA，沉默与白介素17d（II17d）同源的pancRNA，导致1细胞期的胚胎损伤，在4细胞期时提供IL17d蛋白后这一损伤可被修复。表明lncRNAs可以通过激活合子基因的方式调控转录，对胚胎发育十分重要。

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lncRNA与miRNA的联合

适用情况：

有参考基因组物种

项目经验：猪、兔、拟南芥、水稻、油菜、棉花、麻风树等

联合点：

1.lncRNA是miRNA前体；

2.lncRNA作为miRNA靶基因。

分析内容：

1.lncRNA中miRNA前体分析；

2.miRNA靶向lncRNA分析；

3.miRNA-mRNA-lncRNA调控网络分析；

案例简介：

lncRNA+miRNA联合分析番茄黄化曲叶病感染机制

本文利用链特异性RNA测序对番茄感染番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）前后2组样品进行lncRNA研究。共鉴定到个lncRNAs，包括基因间区lncRNAs（lincRNAs）和反义lncRNA（lncNATs），在病毒诱导的基因沉默（VIGS）过程中发挥作用。结合miRNA数据，鉴定到2个(slylncandslylnc）lncRNA可能分别对miR和miR有诱骗功能,表明lncRNA可作为内源竞争性的microRNA靶标在病毒感染过程中发挥作用。

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